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Il coronavirus COVID-19 SARS-CoV-2 ha un'”impronta digitale” rivelatrice che significa che è molto probabile che sia stato prodotto in un laboratorio, nuovo ricerca ha trovato.

Il biologo matematico Dr. Alex Washburne e i colleghi Valentin Brutte e Antonius VanDongen hanno pubblicato la loro ricerca in un prestampa che trova “un’alta probabilità che SARS-CoV-2 possa aver avuto origine come un clone infettivo assemblato in vitro”.

Spiegano che questa prova, che chiamano “impronta digitale dell’endonucleasi”, è indipendente dalle prove relative al Sito di scissione di Furinche altri hanno suggerito è una “pistola fumante” per un’origine di laboratorio.

Il Dr. Washburne sottolinea che in questo documento non sta accusando intenzioni maligne o persino un lavoro di guadagno di funzione. Lui scrive: “Non troviamo alcuna prova che SARS-CoV-2 sia un’arma biologica (al contrario, sembra un incidente) o alcun guadagno di lavoro. Troviamo prove che suggeriscono che SARS-CoV-2 potrebbe essere stato sintetizzato in laboratorio con metodi noti, probabilmente per normali scopi di ricerca pre-Covid”.

Il professor Francois Balloux ha conferito allo studio il suo imprimatur su Twitter, scrivendo: “Questo è un lavoro importante. A me sembra solido sia concettualmente che metodologicamente. Mi è stato dato un preavviso e sono stato in grado di replicare i risultati chiave. Per quanto ne so, confermo che i modelli riportati sono autentici”.

Per accompagnare il studia Il Dr. Washburne ha pubblicato a Sottomagazzino e un Discussione su Twitter. Il thread di Twitter è riprodotto per intero di seguito: può essere un po’ tecnico in alcuni punti, ma il messaggio che sta trasmettendo dovrebbe arrivare abbastanza chiaramente.

L’origine di SARS-CoV-2 è sconosciuta. Alcuni hanno ipotizzato due eventi di spillover al mercato umido, ma difetti metodologici fallo funzionare inconcludente. Abbiamo bisogno di conoscere la vera origine di SARS-CoV-2 per prevenire le pandemie.

Abbiamo esaminato se SARS-CoV-2 è stato sintetizzato in un laboratorio. Abbiamo studiato un metodo comune per sintetizzare i coronavirus (CoV) in laboratorio. Si pensava che questo metodo non lasciasse un’impronta digitale. Abbiamo trovato l’impronta digitale. Quell’impronta digitale è nel genoma SARS-CoV-2.

Ecco come creare un CoV in laboratorio. Per creare un virus a RNA di 30.000 basi (30kb) in laboratorio, è necessario un clone di DNA da 30kb Per assemblare un clone di DNA da 30kb, gli scienziati incollano insieme diversi frammenti più piccoli.

Un metodo popolare per l’assemblaggio del DNA è ‘assemblea del cancello d’oro‘.

L’assemblaggio del Golden Gate richiede che la sequenza del DNA abbia siti di “taglio” speciali (siti di restrizione di tipo IIS). I siti di taglio creano da tre a quattro nucleotidi (nt) “estremità appiccicose”. Le estremità adesive ti aiutano a “incollare” i segmenti di DNA insieme, assicurando un assemblaggio fedele della tua copia di DNA da 30kb di un genoma virale.

I virus a RNA come i CoV non sono selezionati specificamente per questo tipo di taglia e incolla. Quindi, i virus selvatici tendono ad avere siti taglia e incolla sparsi casualmente nel loro genoma. I ricercatori che creano virus in un laboratorio spesso aggiungono o rimuovono i siti di taglio.

Abbiamo raccolto esempi di cloni infettivi CoV assemblati con questi sistemi di taglio e incolla di tipo IIS dal 2000 al 2019. Abbiamo trovato uno schema chiaro nel modo in cui i ricercatori tendevano ad aggiungere o rimuovere siti di taglio e incollaggio.

I ricercatori tendono a trasformare le mappe di restrizione a spaziatura casuale in quelle a spaziatura regolare (AB). La spaziatura regolare deriva dal desiderio di un minor numero di frammenti (in genere da cinque a otto) mantenendo basse le lunghezze dei frammenti più lunghi.

La digestione di 70 CoV con oltre 200 enzimi di restrizione produce una “distribuzione di tipo selvaggio”, un modello nullo per quanto tempo può essere il frammento più lungo in funzione del numero di frammenti [when the virus is wild]. La scatola rossa è la gamma ideale per i sistemi genetici inversi utilizzati per creare cloni infettivi.

I CoV progettati per essere cloni infettivi passeranno dall’avere mappe di restrizione che rientrano nella distribuzione del tipo selvaggio ad essere valori anomali sotto la distribuzione del tipo selvaggio, rientrando nell’intervallo ideale di laboratorio del numero di frammenti e della lunghezza del frammento più lungo bassa.

Dopo aver trovato questa impronta digitale, esaminiamo siti specifici di taglio e incolla nel genoma SARS-CoV-2 (BsaI/BsmBI).

BsaI e BsmBI sono enzimi molto popolari per questo tipo di in vitro assemblaggio Hanno anche molti siti conservati nei CoV. Molto utile per creare chimere.

La mappa di restrizione SARS-CoV-2 BsaI/BsmBI rientra perfettamente nell’intervallo ideale per un sistema genetico inverso. È un’anomalia (inferiore 1%) tra i CoV di tipo selvaggio. È un punto intermedio tra i CoV ingegnerizzati.

Digerendo i CoV con solo enzimi di tipo IIS che potrebbero essere utilizzati per l’assemblaggio, SARS-CoV-2 è un valore anomalo ancora maggiore. Si trova nell’1% inferiore della lunghezza massima del frammento per tutti gli enzimi di restrizione È il singolo valore anomalo più grande (<0,07%) di 1.491 digestione di tipo IIS

Abbiamo quindi testato l’ipotesi di assemblaggio di laboratorio. Se SARS2 ha un’origine sintetica tramite l’assemblaggio del Golden Gate, devono essere soddisfatti molti altri criteri. Ad esempio: tutte le estremità adesive devono essere uniche, non palindromiche e contenere almeno un A/T. SARS2 ha superato questo test (60% di possibilità di questo).

Le mutazioni che separano i siti SARS-CoV-2 BsaI/BsmBI dai suoi parenti stretti devono essere tutte mutazioni silenziose. Tutte le 14 mutazioni nei siti BsaI/BsmBI sono silenziose. L’84% delle mutazioni nella SARS2 e nei parenti stretti sono muti, quindi il 9% di possibilità che tutte le 14 mutazioni distinte siano mute.

C’è una concentrazione significativamente più alta di mutazioni silenziose per nucleotide all’interno delle sequenze di riconoscimento BsaI/BsmBI rispetto al resto del genoma. P=0,004 per BANAL52-SARS2 P=9e-8 per RaTG13-SARS2.

È improbabile che un sistema genetico inverso così idealizzato si evolva per caso dai parenti stretti di SARS-CoV-2. C’è una probabilità dell’1% che mutanti RaTG13 casuali abbiano un punteggio z maggiore o maggiore e una probabilità dello 0,1% per BANAL52.

Testando questo da più angolazioni, non potevamo rifiutare l’ipotesi che SARS-CoV-2 abbia un’origine sintetica. Ogni test ha anche ridotto le probabilità che SARS-CoV-2 abbia un’origine naturale. L’impronta digitale BsaI/BsmBI di SARS-CoV-2 indica l’origine sintetica di SARS-CoV-2.

Si prega di leggere il nostro manoscritto per il nostro linguaggio accurato e limitazioni. Questi sono importanti. Ad esempio, i nostri risultati sono indipendenti dal sito di scissione Furin (FCS). Mentre l’RBD è ancorato nel frammento 5, non facciamo luce sull’origine dell’FCS.

La nostra ricerca non identifica il laboratorio. Ipotizziamo che questa mappa di restrizione consentirebbe la costruzione di virus chimerici, proprio come il recente controverso lavoro svolto a Boston (ma con un metodo diverso per in vitro montaggio).

La nostra teoria di un’origine sintetica di SARS-CoV-2 può e dovrebbe essere testata. Ulteriori test potrebbero respingere la nostra teoria. Diamo il benvenuto a questi test. Il nostro codice è disponibile su GitHub e indichiamo ricerche future che possono rifiutare la nostra ipotesi o perfezionare la nostra comprensione di questo problema.

Fare virus chimerici in vitro comporta dei rischi. Incoraggiamo la trasparenza da parte dei ricercatori che studiano i CoV a Wuhan. Incoraggiamo fortemente il coordinamento globale sulla biosicurezza.

Incoraggiamo un discorso aperto, civile e compassionevole su questo importante argomento. Questa prestampa non è stata affrettata. È stato recensito da molti colleghi, veri esperti mondiali. Li ringraziamo tutti immensamente per il loro feedback. Questo è stato un progetto incredibile. Eppure, per ovvie ragioni, questo è il saggio più triste che abbia mai scritto.





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